Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran berdiri pada tahun 2000 melalui Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 52/DIKTI/Kep./2000, tanggal 9 Maret 2000. Program Studi ini tergabung di dalam Program Pascasarjana Universitas Udayana Denpasar. Sebagai bagian dari lembaga pendidikan Universitas Udayana, Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran dari tahun ke tahun telah melakukan pembenahan-pembenahan diri dalam berbagai komponen. Program Studi sangat menjunjung tinggi sikap kejujuran dan keterbukaan akademik terhadap mahasiswanya maupun terhadap masyarakat. Wujud kejujuran dan keterbukaan terhadap masyarakat dapat dilihat dari adanya sosialisasi program studi yang secara rutin mensosialisasikan program-program yang sedang dan telah dikembangkan di Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran, dan melakukan kerjasama yang baik dengan masyarakat atau stake-holders melalui kerjasama dalam bentuk lokakarya, seminar, diskusi interaktif, dan kerjasama lainnya, yang dilaksanakan sebagai upaya meningkatkan kualitas lulusan. Sebagai wujud kepedulian terhadap masyarakat, program studi melakukan kegiatan Tri Darma Perguruan Tinggi melalui pengabdian kepada masyarakat. Bentuk pengabdian yang dilakukan disesuaikan dengan kemampuan dan potensi yang dimiliki program studi khususnya dalam bidang ilmu kedokteran.

Visi 

Visi Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran Universitas Udayana adalah: menjadi pusat pendidikan pascasarjana yang mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran berdasarkan Pola Ilmiah Pokok (PIP) Kebudayaan sehingga dapat menghasilkan lulusan yang unggul,mandiri, dan berbudaya serta mempunyai daya saing di tingkat nasional dan internasional pada tahun 2027.

Misi 

Misi yang diemban Program Studi S3 Ilmu Kedokteran Universitas Udayana adalah :
1. Mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran berdasarkan Pola Ilmiah Pokok (PIP) Kebudayaan.
2. Menghasilkan sumber daya yang unggul, mandiri dan berbudaya di bidang ilmu kedokteran.
3. Meningkatkan profesionalisme dan kompetensi sumber daya dalam bidang riset ilmu kedokteran.
4. Meningkatkan kegiatan penelitian , pelayanan dan pengabdian pada masyarakat bertaraf nasional dan internasional, berlandaskan budaya, moral, dan integritas yang tinggi sesuai dengan tuntutan masyarakat.

Tujuan Program Studi 

Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran yang mampu menyelenggarakan pendidikan pascasarjana ilmu kedokteran yang bertujuan untuk:
1) Menghasilkan lulusan yang unggul, mandiri, berbudaya, berjiwa Pancasila dan memiliki integritas ilmiah di bidang ilmu kedokteran.
2) Menghasilkan lulusan yang bersifat terbuka dan tanggap terhadap perkembangan ilmu dan teknologi serta permasalahan yang dihadapi masyarakat.
3) Menghasilkan lulusan yang memiliki wawasan dan kemampuan dasar keilmuan dan ketrampilan teknis yang diperlukan untuk mengadaptasi dan/ atau menciptakan penemuan baru dalam melakukan penelitian secara profesional.
4) Menghasilkan lulusan yang mampu menggunakan pengetahuan dan ketrampilan dalam lingkungan keahliannya untuk menemukan jawaban dan/ atau memecahkan permasalahan yang kompleks termasuk yang memerlukan pendekatan lintas disiplin.
5) Menghasilkan lulusan yang mampu memproduksi dan mengkomunikasikan pemikiran serta hasil karyanya baik dengan sejawat maupun khalayak yang lebih luas.
6) Menghasilkan lulusan beridentitaskan budaya, moral, dan integritas tingi serta riset bertaraf nasional, dan internasional yang berlandaskan pengembangan iptek.

Sasaran Program Studi 

1. Terwujudnya sistem pembelajaran berbasis kearifan lokal dan sistem penjaminan mutu yang memadai.
2. Menghasilkan lulusan yang berkualitas
3. Meningkatkan penelitian agar menghasilkan temuan baru yang berkualitas
4. Meningkatkan profesionalitas akademik dosen.
5. Meningkatkan kompetensi staf akademik dan staf administrasi.
6. Mengembangkan kemitraan dengan berbagai institusi dalam dan luar negeri untuk meningkatkan kapasitas dan peran serta dalam pengembangan Iptek.

Dengan demikian Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran telah memiliki visi yang lebih realistic terutama dalam rentang waktu capaian yaitu tahun 2027. Telah memiliki keterkaitan antara misi, tujuan, dan sasaran Prodi. Sasaran Prodi dengan strategi pencapaian target yang:
(1) Sangat jelas.
(2) Sangat realistik.
(3) Saling terkait satu sama lain.
(4) Melibatkan dosen, mahasiswa, tenaga kependidikan, alumni dan masyarakat

Gelar Setelah Lulus

Setelah lulus di Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran, gelar yang diperoleh adalah Gelar : Doktor (Dr.)